2062年，在一个重大的劳动力自动化项目失败后，其核心人工阿尔忒弥斯选择了对抗人类，地球在20年后被摧毁。一个女孩，皇后，在某个基地的地下研究设施醒来。她是人类的三个幸存者之一。但她没有以前的记忆。建设和平部队上校告诉皇后。
安达桃（山本美月 饰）虽然有着一副不良少女的外表，但内心里却是一个传统而又天真的好姑娘。柏木沙绘（永野芽郁 饰）是小桃青梅竹马的玩伴，从小打到，只要是小桃喜欢的东西，沙绘总是要横刀夺爱，对于沙绘的霸道和自私，善良的小桃总是选择容忍和谦让，这让沙绘的行为愈发张狂起来。 小桃一直默默的喜欢着同级生东寺森一矢（真剑佑 饰），但是她选择将这份感情默默埋藏在心底，一是觉得一矢绝对不会喜欢像自己一样的女生，二是害怕沙绘知道自己的心思。冈安浬（伊野尾慧 饰）是学校里大受女生欢迎的校草级人物，奇怪的是，他却独独对小桃产生了兴趣。
某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。
