某一日,正治发现曾经打架得力的右手居然变成了一个活灵活现的女孩!女孩名叫春日野美鸟(中原麻衣 配音),对于自己莫名其妙变为正治右手的原因也并不十分了解。就这样,正治和美鸟两人开始了他们的同居生活。美鸟的温柔体贴化解了正治内心的坚冰,由于失去右手无法再打架,正治也闹出了不少的笑话。正治的改变全部都被绫濑贵子(高木礼子 配音)看在了眼里,曾经十分反感正治的她竟然慢慢的被正治吸引。徘徊在两个女孩子之间,正治究竟应该何去何从呢?
並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦,命名為「馬克羅斯」(MACROSS,德文「大宇宙」之意)。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂,在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後,在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天,在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射,並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦!事已至如此頓時成了趕鴨子上架,不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰,並讓馬克羅斯升空啟航,以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥,並救起了一位名叫林明美的少女,且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛,卻也開始介入了戰事的發展之中,甚而成為主導後來歷史走向的契機……