故事发生在名为“昊陵学园”的武术训练学校之中。拥有悲惨过去的九重透流（松冈祯丞 配音）带着满心的愤怒和抱负来到此处就读，希望能够在这里磨练技艺，变得强大替死去的妹妹报仇。这四人本应一起睡在毯子下，与其他物体依偎在一起，沉迷于被禁止的“情侣聚会之旅”--悲伤的爱德华和阿方斯兄弟试图用炼金术的最大禁忌——人体炼金术来拯救他们死去的母亲，但他们遭受了巨大的灾难。阿尔方斯失去了自己的身体，他的灵魂被盔甲囚禁，而爱德华则以右臂和左脚为代价，迫使他的弟弟停在黑社会的门口。
