《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容，于2006年10月2日至12月18日在日本播出。
平泽白子（小林樱饰演）是一个在酒店咖啡店工作的普通女孩。一次偶然的机会，她在了望台上遇到了一个神秘的男人。在那一天，就好像他们在某种魔法下一样，他们产生了巨大的吸引力。两人接吻，这个甚至知道自己名字的男人夺走了平泽的心。
白狼神莫娜和她抚养的人类女孩“幽灵公主”桑对幻想姬怀恨在心，因为他们觉得她带领所有人破坏了森林。想帮助人类的阿斯达卡被桑深深地吸引了。他理解她，但为了帮助穷人，他不得不与她抗争。在一场战斗中，阿斯达卡被一头独角兽救了下来，他的立场变得更加不确定。就在这时，一群人在点头和尚的带领下前来杀死麒麟兽。香积用火器射杀了麒麟，麒麟的头被Noddle Monk夺走了。愤怒的麒麟的灵魂正在森林中肆虐，以重获新生。阿斯达卡和桑联手帮助麒麟重获新生。
