在此期间，在遗传学领域做出杰出贡献的大门勇博士（武中直人饰演）拒绝与邪恶宫殿合作，被残忍杀害。达门医生的儿子达门东洋（小原康树饰演）和他父亲发展起来的电角色查布卡为正义与细胞军进行了艰苦的斗争，在此期间，他们还与最初的敌人博格小姐（山崎根司饰演）进行了斗争。然而，他坚持的正义最终导致了查布卡的垮台。25年后，一贫如洗的大门峰（半尾川路饰演）向肆无忌惮的政治家若谷（清田和树饰演）投降，遭受羞辱，而邪恶宫殿的邪恶计划即将完成。。。这部电影改编自20世纪70年代的同名故事片。
當未確認生命體再次出現，連G3也不是其對手時，神秘的金色幪面超人亞極陀登場，這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身，起初因未能控制而襲擊G3。 翔一暫住在美杉義彥的家，認識了擁有超能力的風谷真魚，真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶，並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中，發現一本記事薄，當中提及之姓名卻無人知曉，查探父親死因後，竟發現自己是另一個幪面超人－磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀，所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險，幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的未確認生命體也相繼被翔一，涼以及誠所打敗。 後來，涼誤會女朋友是被亞極陀所殺，造成磯烙使與亞極陀對峙的局面。又因亞極陀多次拯救G3，G3加入戰團對付磯烙使。可惜G3聯手亞極陀未敵磯烙使，警方有見及此更厲害的武器－G3-X。在G3-X和亞極陀合作下，未確認生命體雖然愈來愈厲害，但也被擊倒。 第三個幪面超人是由木野薰變身，他雖然會優先對付未確認生命體，但亦會對付磯烙使和亞極陀，因他認為世上有他就夠了。後來他被強化了的磯烙使所敗，又被涼所救而作出改變。 原來謎的青年是遠古使用闇力量的創造主，他今次派出水的精靈對付三個幪面超人及G3，起初四人不敵，但翔一打破恐懼，令亞極陀的力量再上一層，再合四人之力，將他打敗。 在警方和真魚的調查下發現翔一的姐姐木雪菜也曾經變成亞極陀，而其他擁有超能力的人最終也會變成亞極陀，真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而疏離翔一。這時闇的創造主親自出擊，要收回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類，以免有更多的亞極陀誕生。他派出風、地、水三精靈，翔一、涼和誠的最後一戰在此展開。
一天晚上，在首都圈警察局的顶部举行了一次例会。突然，一名持枪男子闯入会场，将所有官员扣为人质。警方很快调查了抢劫者的身份，发现他就是已经辞职的前检查大臣关谷康久（小泽正治饰演）。
