某一日机缘巧合之下，普通的中学生一桥友里惠（峰香织 配音）居然成为了法力高强的神！友里惠在第一时间将这一好消息告诉了好友四条光惠（峰香织 配音）和三枝祀（森永理科 配音），没想到自己的兴高采烈换来的却是朋友的冷漠相对，气愤的友里惠和朋友们打赌，要用神迹来证实她的身份。台风的来袭证明了友里惠的话，也给城市带来了不小的麻烦，这让友里惠明白了，越是高强的能力，就越要小心的使用。 神也要恋爱呀，在友里惠的眼里，二宫健儿（宫崎一成 配音）就是那个集万千有点为一身的他。对待感情有些笨拙的友里惠能否如有神助的对二宫健儿坦白自己的心情呢？
科学警备队队员光超一郎从宇宙空间站EGG3前往地球的途中与不明宇宙人遭遇，自称为"奥特曼"的宇宙人告诉他地球上的各种怪兽与超自然现象危机迫在眉睫，但奥特曼无法以宇宙人的身姿在地球上长期生活，所以便借用光超一郎的身体与之合为一体，并可以用"闪光之星"来随时变身，使人类得以应付即将到来的各种危机…作为奥特曼系列的动画版，比起特摄片有固有的优势。在这里，主角可以做以前奥特曼们无法完成的特技。同时在一话中可以有数个奥特曼和怪兽登场，而不用额外的开销。而且，怪兽的设计者们不用再被这个时代"怪兽的皮套需要适应人的体型"这一技术条件所限制。因此，他们的创造力可以无限发挥。
在不久的将来，科学家们开发了核磁共振扫描仪，可以监视人类大脑中的世界。在这种扫描仪的帮助下，警方可以从死者生前看到的图像中追踪线索。科学警察研究所的第九法医实验室是利用核磁共振扫描技术的运营机构。
