在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切,一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
有一天,一个名叫兰羽龙利(中岛爱配音)的年轻女孩和她的执事京成(小野自由配音)出现在玉马面前,提议利用玉马的“邪恶之石”的力量。尽管邪恶之石的力量强大,但很难控制,马云曾犯下命令他忏悔的错误。另一方面,蓝羽玻璃拥有“好石头”的力量,可以遏制和压制Yama的暴力行为。在Yama的不断恳求下,Yama终于决定走出过去的阴影,敞开心扉。他们两个必须面对的是一个被邪恶石头的力量改造的恶魔。