在审判塔悲剧发生后,格里菲斯成功地获得了肉体,并在这个世界上复活了。然而,当格斯亲眼目睹格里菲斯的复活时,他的心受到了极大的震动。然后,由于这个边境地区的分裂,世界的形式开始崩溃。
暑假结束时,当时正在学习的五位朋友,森谷信长(前松义弘配音)、加泽秀吉(田坂秀吉配音)、东吉(Hato Yoshiko配音)和椎名林沙(Yoshihiri Yanzoo配音),相约来到望月书院长达三年的分离期,寻找他们当年埋葬的时间胶囊。
然而,随着时间的推移,第一道屏障被打破了,这意味着如果我们袖手旁观,数百年前的悲剧将重演。就在这个关键时刻,精致而又强大的年轻女孩出现了。天真乐观的京玉千(铃木爱奈配音)、温柔冷静的Yoshin(松井哈里子配音)、醉醺醺的Tomoki(三森Rinko配音)、难以捉摸的Hariya(黑田喷泉配音)、可爱娇小的天照(根津子配音),这些女孩正在与名为“撒旦”的最强噬神者战斗。