故事发生在日本江户时代，当时一名神秘男子出现在武士桂（石田明配音）面前。他手里拿着魔剑“红樱”，要求对其进行测试。当晚之后，桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松伸树配音）从万石屋找到了信高（Naomiya Rihui配音）和信矢加（Sakaguchi Daisuke配音），并委托他们寻找主人的下落。与此同时，银石（杉田智和饰）也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上，由于远离警方的管辖范围，飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里，银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三（由齐安武史配音），他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子，另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生，拯救江户？这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》，没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
但机器人“新海丰”在展览附近意外坠落并发生故障，绝望的他们三人决定通过木偶试镜，选出一个与之匹配的真人伪装成机器人来通过考试。铃木重光（石原慎二郎饰演）是一位73岁的孤独老人，身边没有孩子。为了改变退休后孤独而悲惨的生活，他决定找一份新工作。当报纸看到三人组的招聘广告时，他们在不知情的情况下伪装成了机器人。然而，由于意外事件而在展会上走红的“新海风”使情况陷入了无法控制的境地，三人组不得不告知真相，并继续寻求铃木先生的帮助。这个时候，爱机器人的女孩叶（吉高由里子饰演，吉高由里）也开始怀疑《新海风》的真实性
