森山静树（新垣结衣饰演）和津崎广仓（吉本信诺饰演）之间的真实婚姻正在顺利进行。在日常生活的摩擦中，他们逐渐接受了彼此不同的生活步骤，他们的关系变得越来越亲密和和谐。在这个关键时刻，石莉意识到自己已经怀孕了。
宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...
但因为药剂有副作用，也因此造成20亿人的发病，间而诞生「嗜血种」这样的新生命体。之后，“嗜血种”与人类之间的战争爆发, 虽然最后以人类方的胜利收场，但是残留下来的嗜血种却还是存在于这个世界上….。最终，人类凭着人造血液及被称为“D-GPS”的嗜血种管理系统，来保障嗜血种的生存权利。 这个故事，是在人类与嗜血种共存为日常生活的舞台上进行的。
