工藤新一是中国著名的高中侦探。不幸的是,他在追捕一个黑衣犯罪团伙时被团伙成员发现。在被打晕后,他得到了一种神奇的药水,工藤新一又变成了一个孩子!新一找到了经常帮助他的阿里医生,医生为他量身定制了许多间谍武器。在明治时期,曾经是“刽子手拔剑室”的费村建信(佐藤健饰)已经习惯了神谷道场的平静生活。没想到,就在这一天,他在战争失败期间的老朋友,被称为改革三杰之一的大久保利通(宫泽和茂饰)邀请了他。