在车站的站台上，一名中年男子正准备跳下轨道自杀。但在关键时刻，他被一个叫Kurasaki（山下俊夫饰演）的人救了下来。当自杀未遂的男子还在恍惚中时，黑泽明冷冰冰地说：“叔叔，你踩到我的钱了”。
这些女孩被称为“女巫”，自古以来就一直处于攻势之中，利用她们隐藏的魔法与威胁人类生存的各种怪物作战。在由神奇女孩组成的机械化空中步兵的抵抗下，外星军最终撤退，这些女孩也成功撤退并分散在世界各地。其中一位是美丽的女孩宫户芳佳（由富原美里配音）。战争结束后，她回到了家乡扶桑王国，目标是成为一名优秀的医生。这一天，扶桑皇家海军学校的学生Shigeru Nobuyoshi（上田彩配音）前来参观，并邀请方家前往欧洲葡萄园公国学习。拥有绝技的美丽魔法女孩从四面八方再次聚集，开心地开着玩笑，却没有意识到不死的外星军队正在悄悄靠近
为了满足自己珍爱的妹妹的希望，于是鲁鲁修对《CODE GEASS》系列的登场人物使用GEASS的力量。“鲁鲁修・V・不列颠尼亚命令，《CODE GEASS》的角色们啊，成为我所讲故事的登场人物吧，使我最爱的妹妹娜娜莉高兴！”就这样开始了《CODE GEASS》历史上最大规模的GEASS浪费，新的不思议之国的故事就此上演。
