这部电影改编自TYPE-MOON制作的文字冒险游戏《命运/昼夜》。这是游戏的Seven‘s Feed路线,缩写为“HF”或“Sakura Line”,是该系列所有三部作品动画剧场版的最后一章。
茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀,而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家,上条如往日一般去学校学习,但放学回家,却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中,上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
在同班同学梨三华(芹泽优 配音)的邀请之下,姬乃来到了陶艺社中,在这里,她第一次得知,原来母亲生前是一名非常优秀的陶艺家。就这样,姬乃一头扎入了陶土和火焰的世界之中,出生于陶艺世家,被自己的身份所困扰着的青木十子(本泉莉奈 配音)、个性活泼开朗,对姬乃充满了好奇心的成濑直子(若井友希 配音),在这里,姬乃结识了许多志同道合的朋友。