十多年前,一只名叫“九尾妖狐”的强大怪物袭击了Kiba Ninja村。当时,第四代火影不惜一切代价,将“九尾妖狐”封印在刚出生的火影忍者身上。木叶村终于恢复了平静,但村民们把鸣人视为“九尾妖狐”一样的怪物,每个人都与他保持距离。
喜欢神秘事物的东树自然很快乐,但科罗的脑海里充满了入侵地球的事情。他们在那里发现了废墟,因为迷路了,但后来由于意外情况不得不逃离那里。但就在这时,东树看到一个女孩在一瞬间迷失了方向。抱着女孩的神秘感,东树和科若罗回到了东京。但就在这时,最强大的敌人出现在他们面前。它看起来和KERORO一样,但与KERORO不同的是,他想迅速彻底地计划入侵地球的黑暗KERORO。他率领部下CIBABA、DORURURU和MIRURU在世界各国发动侵略行动。与这一切作斗争的科罗队的命运是什么