一夫和一美本是青梅竹馬的朋友，如今移居外地多年的一美回到故里成為轉校生，一段兩小無猜的感情眼看就要發生。只是神秘的事件讓一切都改變了，兩人正在發育的身體掉包，面對的身心困惑更是加倍。
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
一再遭到拒绝的主治医生和护士长决定向两人发出最后通牒，要求他们强行交换伴侣，否则将被解雇
