表面上,它可能看起来像一个略显冷漠和普通的女孩,但在现实中,它隐藏着一个可怜的背景。在他年轻的时候,志实的母亲自杀了,他的父亲离家出走。十五岁时,他成为了一种商品,并被一个地下拍卖组织卖给了一位名叫埃利亚斯的魔法使者(竹内直太配音)。
瑚太郎接受了一份寻找新闻线索的工作,于是开始了在城市各处的奔走,在此过程中,只存在于都市传说之中的怪奇事件和神秘生物渐渐浮出了水面,与此同时,瑚太郎的身边亦发生了许多令他百思不得其解的怪事。为此,瑚太郎找到了超自然研究会的会长千里朱音(喜多村英梨 配音),希望后者能够解答他的疑惑,哪知道在两人调查的过程中,瑚太郎的一干好友纷纷被卷入了风暴之中。
为了报答自己的罪过,挽回失去的一切,兄弟俩踏上了寻找传说中的“哲人石”的旅程。几年后,一位右臂和左腿都被“机械盔甲”取代的国家炼金术士出现在人们面前。他被称为“钢铁的炼金术”。