事实证明，死者和悟子正在调查一起黑社会恐吓事件，各种迹象表明，这起雨夜车祸背后隐藏着一个不为人知的秘密。坚持不懈的九里生和他的同伴前往现场调查，但最终与诺伊斯特里亚公国大使馆发生了关系。由于大使馆的域外管辖权，日本检察系统无法获得对方的合作。事后，酒立生等人相继面临死亡威胁，诸多质疑无法打消这个顽固不化的人调查真相的欲望。他和他的同伴勇敢地沿着布满荆棘的小路前进
值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
在这个世界上，有着能将妖精作为兵器所操使的“妖精兵”存在。战争结束后，他们结束了使命、失去了容身之处。战争后那不稳定的政局，因战争受到伤害的过去的犯罪者出现了，他们为了复仇而发动了恐怖袭击。
