现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员意外穿越到了异世界，并且自己还变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开帷幕.
羽竹芦生（小林配音）无论是外表还是性格都是一个非常普通的人。大学毕业后，陆生没有磨刀霍霍，而是想挤进一家大企业。相反，他选择去一家便利店，成为那里的一名工人。所有人都对陆生的选择感到困惑，但他心里有自己的算盘。
茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
