《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
吉迪恩(铃木瑞提配音)因为跟不上佩洛顿的战斗节奏而被圣人战神(八代拓配音)驱逐。阿瑞斯和他的队友谎称吉迪恩是自己离开的。离开后,吉迪恩以瑞德的名字开了一家药店,在那里他可以自己收药和卖药。这种稳定的生活对他来说似乎是一个不错的选择。
讲述一只生活在大型动物园里的小野兽的故事。一天,一个迷路的孩子出现在动物园里。为了帮助孩子回家,野兽女孩们开始了一段冒险之旅。