主人公是马拓，他也是一名无所事事的高中生。他的父亲是一名历史学家，但他在研究期间失踪了，留下他和继母相互依赖。暑假期间，主人公收到了父亲寄来的一个包裹，里面有一个指南针和三颗水晶珠，还有一封写着“时间是可逆的，历史是不可逆转的”的信和一些关于平行世界概念的信。他指示主人公晚上去当地著名的地标性建筑剑点与某人会面。Tuoye按计划在晚上到达剑点，发现他的继母Ayumi和他父亲的研究伙伴Takasami都在场。原本友好的龙藏寺突然转过身来，要求一匹马交出收到的包裹，并拔出枪威胁他。就在关键时刻，一道闪电落下，击中了神社的御神石，导致陀罗昏倒。当拓也醒来的时候，周围没有人。回家睡了一会儿之后，他意识到不对劲。我的继母和龙藏寺都不记得昨晚发生了什么。此刻，他意识到父亲送给他的遗物是一种神奇的道具，可以让人们自由地穿越平行世界。因此，他进行了一系列调查，以找到他父亲的真实下落。
第二天，柯南（高善男配音）和他的朋友们去东都水族馆观光，却发现了一个美丽的受伤女人（天海佑希配音）。这名妇女处于失忆状态，她的手机也被损坏，无法使用。柯南和其他人承诺会帮助她恢复记忆，但就在他们交谈的时候，隐藏在黑暗中的黑衣组织成员贝尔穆德（小山莫美配音）冷漠地看着这一切。在相处过程中，这个女人非凡的技巧和奇怪的言行让Ashikawara Ai（林惠美配音）质疑她的真实身份。刚才有一个平静的水族馆，那些沉浸在喜悦中的人会认为，随着神秘女子技能的恢复，他们很快就会卷入黑暗组织的杀戮和混乱中
