故事发生在遥远的未来，彼时，地球已经被人类所制造的污染破坏殆尽，更有污染产生了邪恶怪兽横行占领了人类的生存空间。无奈之下，人类只能移居到了拥有独立意识的“自律型移动都市”之中，而这些都市之间，则为了争夺少之又少的资源而展开了激烈的争斗。
管理员千绘子（齐藤贵美子 饰）喜欢做人偶；玛雅雅（冈村明美 饰）则是个三国爱好者；邦巴则 热衷铁道；吉吉（能登麻美子 饰）则是中老年男性控……天水馆成了她们的小家和小天堂。而另一边鯉淵蔵之介（斋藤弥月 饰）则出身名门，但不想继承家业的他，以女装打扮，梦想成为服装设计师。宅女和伪娘的故事就此拉开了序幕…… 本作改编自东村明子的同名漫画。该漫画曾获得2010年第34届讲谈社漫画赏少女部门赏。
可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
