2031年,由于作为下一代能源设备开发的“量子反应堆”的爆炸,世界发生了巨大变化。从地下传播的突然闪光吞没了城市建筑,覆盖了土地,最终,超越并融合了生物学、机械和植物的未知而独特的进化有机体“B.R.A.I”出现了。在“超级大学级别的绝望”带来的“人类历史上最伟大、最令人发指的绝望事件”下,世界陷入了崩溃边缘的绝望境地。为了拯救这个充满绝望的世界,由希望峰学校前校长和师生组成了“未来机构”。其中有78名学生,其中包括曾击败江之岛敦子的苗木成等人。