这是一个怪物和人类共存的世界。很长一段时间以来，怪物一直隐藏在黑暗中，不为人类所知。然而，《种族间交流法》的颁布和实施，让这个看似恐怖但实际上无害的种族走出阴影，进入了人类社会。主人公（由间岛俊二配音）是一个性格温和、没有恶意的普通人。
宁静的日子日复一日...平良一成(萩原利久)进入大四，清居奏(八木勇征)作为新人演员每天都在奋斗着。 不再顾虑周围成为恋人的两人，在平良的家里进入了同居生活。
所有的动植物都有哥斯拉细胞，成为“怪物星球”的地球。这里的国王是历史上最大的哥斯拉“哥斯拉地球”，高度超过300米。英雄庆南点燃了对哥斯拉的讨伐，他遇到了人类福图亚的后代。在Futuya的双胞胎姐妹Maina和Miana的指导下，庆南等人发现了哥斯拉的决定性武器——机械哥斯拉——的遗骸，该武器仍在扩散。他们使用构成残骸的纳米金属发射了武装堡垒城市的“机械哥斯拉城”，并挑战了“哥斯拉地球”。在这场战斗中，之前共存的外星种族之一比尔沙尔德和人类之间的裂痕逐渐显现。与比尔沙尔德领导人加尔格“如果你想推翻哥斯拉，你必须超越‘人’的存在”的信念相反，阳光人不能放弃“你不能为了推翻怪物而把自己变成怪物，你应该作为‘人’来打败它”的信念。最后，庆南放弃了击败“哥斯拉地球”的唯一机会，杀死了加尔格。另一方面，Haruna的青梅竹马Yoko也因Bilshard对人体进行的强制纳米化而陷入脑死亡状态。失败感和虚无感在人类中蔓延。另一方面，外星人，宗教种族Echever的大主教Metphis，主张哈鲁纳从战斗中幸存下来是一个“奇迹”，并因此增加了他的追随者。这是为了实现埃克塞特隐藏的“终极目标”。米安娜和美娜对这样的埃克斯维尔保持警惕。此外，庆南还问自己，作为一个“人”，应该做什么。很快，在无人能敌“哥斯拉地球”的地球上，覆盖着金色闪光的“基多拉”降临，惊天动地的超次元大战开始了。什么是“哥斯拉”？一个人应该做什么？庆南眼中的未来是。在最后一章中，一切都会明朗起来。
