故事发生在一年的战争期间,与第一代高达的故事相似。前往地球前线工作的年轻联邦军官斯洛·山田在一次偶然的交火中遇到了敌人,基因军的女飞行员艾娜·萨哈林。
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来, 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员, 与研究所员齐心协力,面对强大的敌人! 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身!SHINKALION!
《神奇宝贝日月》是继《神奇宝贝XY》播出后,东京电视台于2016年11月制作并播出的第六部神奇宝贝动画系列“,小智将前往阿罗拉地区,与同学Lillian、Kage、Shuilian、Mayo和Mamane一起体验校园生活,目标是毕业。