在不久的将来,东京将成立两个主要组织来夺取“最强武器”:旨在开发最强武器的制导重工业和操纵遗传因素创造优秀人类的NSWF。他们的共同目标是获得终极武器“WITCHBLADE”,该武器拥有最强的力量,只能由选定的女性操纵。地震发生六年后。。。学业优秀的高中二年级学生村上良太(逢坂良太 配音)是天文部唯一一名成员,童年时代他曾有过十分要好的朋友“黑猫”,但在一次事故中,少女黑猫为了营救良太而被宣告死亡。