故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界,武力的最高境界从使用利剑,转而到使用魔法,继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮,是个完全不会使用枪械,只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”,顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天,拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花,竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中,一场学园动作奇幻大作就此开始。
本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》:2092年,由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号,特殊的是,信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。
2014年6月底,动画《西德尼亚骑士:第九星球之战》第二集的制作决定在动画《西迪尼亚骑士》第一集结束时宣布。这部动漫第二集的第一集和第二集将于11月首播,首播门票将受到限制,并包含在动漫第一卷和第二卷中。