此外，原作中的重要角色“白羽衣噪”也将出现在第二部动漫中；原作者二平棉的早期作品《BLAME！》也将在第二部动漫中以戏剧的形式制作动画。
1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……
平凡的高中男生神乐坂公人（田丸笃志 配音）被选中成为庶民样本，被迫入读了清华女校，成为了校园中唯一存在的雄性生物。 个性傲娇内向却意外单纯的天空桥爱佳（芹泽优 配音）、成熟善良温柔稳重的金发美少女有栖川丽子（立花理香 配音）、超高智商和超级天然呆属性并存的汐留白亚（桑原由气 配音）、出生武术世家的神领可怜（森永千才 配音），当这些高贵的大小姐们接二连三的出现在公人的身边时，会发生怎样有趣的故事呢？
