Alan（由Kaji Yuki配音）、Sanri（由Ishikawa饰演）和Ani（由岛村由纪饰演）是住在高墙后面的孩子。艾伦讨厌调查团越来越懒惰的作风，他相信巨人们总有一天会对人类发动更猛烈的攻击。不幸的是，艾伦的预言实现了，一个巨大的巨人打碎了围墙，在人类的最后一片净土上肆虐。灾难发生后，幸存的艾伦和他的团队加入了调查小组，艾伦和桑里发誓要为他们已故的母亲报仇。
一个叫阿舒的年轻人，长相出众，战斗力出众。领导街头暴力组织的他听到了被其下属在死亡边缘杀害的男子说出的“BANANA FISH”的神秘话语。与此同时，他遇到了日本少年大村英二，后者作为摄影师的助手前来收集材料。
而到了海底，胖虎和小夫却想总想着去幽灵船寻宝，结果遇到了危险，大家也意外发现海底居然也居住着人类。进而发现亚特兰提斯和姆联邦这两个国家争相进行军备竞赛，得知亚特兰提斯预备发射鬼角弹的事，如果亚特兰提斯发射鬼角弹，那么全世界都会毁灭，因此为了阻止鬼角弹发射，大雄他们决定去亚特兰提斯的百慕大海域阻止这个阴谋。勇敢的少年们能拯救地球吗？ 本片是哆啦A梦剧场版系列的第四部。
