为了防止犯罪团伙报复他，信义决定匿名并秘密追捕他们，希望能获得解药。有一天，新一的女友Maurilan来到阿里医生家，寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南，然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生，他们一起组织了一支青年侦探队，向罪犯宣战！
主角祥子是一名在流星学院学习的中学生。自从五年前出国留学以来，她的妹妹祥子就一直下落不明，她和祥子很亲近。一天，一个不明身份的人突然袭击了祥子。袭击她的是邪恶之神厄里斯的部下，厄里斯过去曾被女神雅典娜封印。
