魔术师用他的魔法创造了一扇连接两个世界的“门”，将“洞穴”中的人类作为练习魔法的实验对象，而遭受巨大痛苦的洞穴居民也反抗魔术师。主人公开曼是“洞穴”的神奇受害者之一。由于魔法的作用，开曼的头变成了一只蜥蜴，失去了所有的记忆。然而，开曼群岛的身体因此拥有一种神奇的无效免疫系统。为了寻找记忆并恢复它们的原貌，Cayman和他的朋友Second order Hall开始寻找魔术师。“魔术师世界”的刺客也出现在“洞穴”中，战斗迫在眉睫
接着在他们面前，Super Time Jaker·Tid现身了，在守护少年幸吾的战斗中，庄吾遇见了一位喜欢假面骑士的青年·充（Ataru）。 另一方，独自挑战Tid的战兔，被其洗脑操纵了。而想在强大的敌人面前救出幸吾的庄吾，却被充所告知：“假面骑士，在现实中是不存在的。”那句话的真意到底是什么？究竟是从什么时候开始假面骑士变成了虚构的存在？在谜团逐渐加深的时候，庄吾与战兔追踪着Tid的身影，来到了初代平成骑士的诞生地·九郎岳遗迹。
故事发生在神圣时代的300年，主要讲述了初中二年级学生Yonaga Jicheng的故事。她每天在学校过着稳定的生活，上课，参加俱乐部活动，和很多朋友一起玩。
