性格冷漠、对周围事物漠不关心的六条人晴(由直宫日惠配音)看起来可能是一个普通的高中生,但她的身体里蕴藏着忍者世界中最强的秘密技巧“森罗万向”。这种能力受到了忍者界许多人的觊觎,也吸引了伊加忍者部落的集体行动,发誓要带回仁清,揭开她体内的秘密。故事发生在大陆历一六零四年,持续了三个世纪的漫长战争终于画上了终点,整片菲尔毕斯特大陆哀鸿遍野,满目疮痍。托鲁(间岛淳司 配音)和阿卡丽(原优子 配音)虽然没有血缘关系,却结为了义兄妹,两人相互扶持经历了残酷的战争,彼此之间结下了深深的羁绊。