故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。
珍司曾经是一位著名的小说家，但他中途放弃了小说事业。巧合的是，北泽尚曾经是真嗣的粉丝。这场命运般的邂逅，让北泽尚逐渐意识到，自己所拥有的并不是自己想要的。她果断地取消了与男友的订婚，转而热情追求与她地位相去甚远的甄斯。与此同时，北泽被诊断出患有阿尔茨海默病，这也意味着留给她和源氏的时间越来越少。
在未来的世界里，由于失去了他心爱的儿子，天才科学家天马博士（尼古拉斯·凯奇配音）创造了机器人阿童木（弗雷迪·海摩尔配音）来代替他的儿子并寻找安慰。尽管阿童木拥有博士生儿子的情感和记忆，但先进的程序仍在不断完善他的情感，让他感同身受。
