西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。 仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。 然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。
衣冠不整的浪人武士三郎（三船敏郎饰演）来到一个小镇，两个恶霸清兵卫（清三郎河津饰演）和新田町音（山茶花久饰演）在那里争夺地盘并招募军队，经常给人民带来麻烦。
双亲很早就过世了，水原凉带着妹妹明钟住在简朴的公寓中。 突然有一天，从天而降一位神秘的美少女益田西守歌，她率领着一个黑衣军团，自称是水原凉的未婚妻。
