校园中推行了一项名为“绊双刃”的特殊制度，学生们必须两两结成绊双刃，同吃同住，以加深彼此的羁绊。羁绊越深，两人得到的力量就越强大。在校园里，九重透流邂逅了名为朱莉（山本希望 配音）的北欧女孩，两人结下了羁绊，就此开始了同居生活。除此之外，傲娇任性的莉莉丝（山崎遥 配音）、迟钝耿直的橘巴（诹访彩花 配音）、身体孱弱的穗高雅（今村彩夏 饰），这些可爱的女孩们都将在学校里找到她们维系一生的羁绊。
影片改编自町田康同名小说，讲述非凡的剑客掛十之進在播下灾难之种之后面对的系列故事。
故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子 配音）。
