在参拜母亲坟墓的回程中，真嗣（绪方惠美配音）和川上隆（宫村洋子配音）遭到了第七使徒的袭击。在关键时刻，第二架飞机被强大的力量击败，真嗣也遇到了第二架机器的操作员Shibo Akira Langley（由宫村洋子配音）。这个被称为“疫苗世界”的地方在维度上与地球不同，是一个和平稳定的世界，四季如春。有一天，被封在那里的病毒之王“黑暗恶魔”逃跑了，朝着地球的方向逃跑。被这件事困扰的疫苗行业女神玛雅命令学徒守护兽麦丸追捕黑暗恶魔和他们所生的病毒。
